Ⅰ. ECBU:
Modalité de
prélèvement
1. Recueil des urines chez l’adulte
- Le milieu de jet, représentatif de l’urine vésicale, doit être recueilli de façon
à
éviter sa
contamination par la
flore commensale de l’urètre et, chez la femme, de la région génitale externe.
- Le prélèvement doit de préférence être réalisé au moins 4h après la
miction
précédente, afin de
permettre
une stase suffisamment longue dans la vessie.
- Dans la mesure du possible, réaliser l’ECBU AVANT toute
antibiothérapie.
- Se laver les mains avec une solution hydro-alcoolique
- Réaliser une toilette soigneuse au savon de la région vulvaire chez la femme ou du méat
urinaire
chez l’homme.
- Rincer à l’eau puis réaliser une antiseptie de la zone uro-génitale à
l’aide d’une
compresse
stérile
imbibée d’antiseptique. Essuyer l’excès d’antiseptique à l’aide d’une compresse
stérile.
- Éliminer le premier jet (20 ml) d’urines pour ne recueillir dans le
flacon
stérile à
bouchon
bleu
que
les 20-30 ml suivants en prenant soin de ne pas toucher le bord supérieur du
récipient.
- Recueillir les urines dans le flacon stérile . Fermer hermétiquement le
flacon et
nettoyer l’extérieur du pot.
- Identifier le tube et le porter immédiatement au laboratoire
accompagné de sa prescription et de l’heure de prélèvement
2. Recueil des urines chez le nourrisson et le jeune enfant
- Chez l’enfant ayant des mictions volontaires, le mode opératoire est le
même que pour
l’adulte.
- Il est préférable d’utiliser cette technique du milieu de jet également
chez les
nourrissons et les
enfants trop jeunes pour uriner volontairement.
- Cependant, dans le cas où il n’est vraiment pas possible de la mettre en
œuvre,
un
collecteur
d’urine peut
être utilisé
- Il doit impérativement :
- Être posé après désinfection soigneuse de la vulve, du méat urinaire et du périnée
ou
du gland
et du
prépuce.
- Être laissé en place 30 minutes maximum. Passé ce délai, il faut impérativement
remplacer le
collecteur
3. Recueil des urines chez le patient sondé à demeure
-Il ne faut jamais prélever dans le sac collecteur (pullulation
microbienne+++) ou déconnecter la
sonde du
sac collecteur.
- Le recueil s’effectue par ponction sur le site spécifique du dispositif de
sonde,
après
désinfection soignée et
clampage de la tubulure.
-Dans le cas d’un ECBU à réaliser lors d’un changement de sonde,
recueillir
l’urine à partir de la
nouvelle
sonde (résultat plus représentatif des micro-organismes réellement présents).
4. Recueil des urines chez le patient incontinent
- Il est préférable d’éviter au maximum le recueil d’urines par sondage urinaire
aller/retour.
Cette technique
impose une désinfection soigneuse préalable de la zone uro-génitale et l’élimination des
premières
gouttes d’urine recueillies.
- Chez la femme, ce geste n’est acceptable que lorsque le recueil des urines lors
d’une miction
est
impossible.
- Chez l’homme, il est préférable d’effectuer le recueil par un collecteur
pénien, voire
par
un
cathétérisme sus-pubien en cas de rétention d’urine, afin d’éviter le
risque de prostatite lié au sondage.
5. Recueil des urines par ponction sus pubienne
- « Gold standard » du recueil des urines : meilleure représentation de la présence de
bactéries dans la
vessie (notamment chez les patients sondés à demeure).
-A réaliser après une désinfection soigneuse des téguments, par ponction directement dans la
vessie.
- La vessie doit être pleine et repérable (la dernière miction doit remonter à 4-5
heures
).
- Vérifier la présence d'un globe vésical par pression de la région sus-pubienne.
- Utiliser une aiguille type ponction lombaire ou intra-musculaire.
- Réaliser une toilette minutieuse de la zone sus-pubienne avec de l'eau et du savon. Rincer,
puis
réaliser l'antisepsie de la zone sus-pubienne avec une compresse stérile imbibée
d'antiseptique.
Eliminer l’excès d’antiseptique à l’aide d’une compresse stérile.
- Introduire l’aiguille au-dessus de la symphyse, dans le plan de la ligne blanche
(l’aiguille
dirigée vers
le bas)
6. Cas particuliers
❐ Recherche d’IST (C.trachomatis, N. gonorrhoeae, mycoplasmes
génitaux)
- Il est impératif pour ces recherches de recueillir les urines du premier jet (5 à
10
ml) dans un pot stérile . Il est préférable d’effectuer ce recueil le matin ou
après une continence d’au moins 2h.
- L’urine de 1 er jet remplace le prélèvement urétral chez l’homme.
-
Les germes responsables d’IST étant intracellulaires, il est indispensable d’obtenir
un
échantillon contenant
suffisamment de cellules (urétrales chez l’homme et urétrales et cervicales chez la
femme).
❐ Recherche de mycobactéries
-A effectuer sur la totalité de la première
miction
du matin, 3 jours de suite après restriction hydrique la
veille au soir.
❐ Recherche de bilharziose (Schistosoma haematobium)
- Trois types de prélèvements sont possibles :
- - Urines de 24h
- - Totalité de la 1 ère miction du matin
- - totalité d’une miction émise après un effort (montée d’escalier, marche, …),
Ⅱ. Transport et
conservation
- Elle doit être acheminée rapidement au laboratoire
- Elle ne doit pas rester plus de 2heures à température ambiante.
- Elle peut être conserver 24 heures a + 4 °c sans modification de la bactériurie (en sachant que
la
réfrigération ne préserve pas les leucocytes)
- Des milieux de transport contenant de l’acide borique (bactériostatique) permettent de
conserver
les urines à température ambiante pendant 48 heures.
Ⅲ. Méthodologique
Examen macroscopique des urines à J1
❍ Homogénéiser l’urine par
retournement ou par agitation
mécanique et noter l’aspect:
- Urines claires.
- Troubles purulentes
- sanglantes hématurie
- Ictérique jaune brin
- Rouge, vert origine alimentaire ou médicamenteuse
- Présence de dépôt: cristallin, blanchâtre (phosphate), rouge brique (acide urique), rose
(Urate de soude)
Examen microscopique des urines à J1 :
❍ Examen à l’état
frais C’est un
examen
qui se fait entre lame et lamelle, sur cellule
hématimétrique ; il présente de ce fait un double
intérêt : quantitatif et qualitatif
❖Quantitatif(Urine entière) :
Sur urine homogénéisée:
Numération des leucocytes sur cellule Nageotte ou
malassez (Ou à défaut de ces cellules (entre lame et lamelle))
d’automate cytologie urinaire.
❖Qualitatif(Centrifugation) :
-Etat
frais
:
recherche des bactéries et de cellules (hématies,levures...)
- frottis
coloré au bleu
de
méthylène
la nature des cellules inflammatoires et forme de bactéries
- frottis coloré
au
Gram: voir les bactéries
- frottis
coloré au
Ziehl Neelsen: rechercher les mycobactéries
NB
- Les différents éléments figurés, contenus dans un volume donné d’urine préalablement
homogénéisée,
sont dénombrés à l’aide d’un dispositif à numération de type cellule de Malassez à usage
unique,
et leur nombre rapporté par millilitre.
- La méthode de numération semi-quantitative par champ microscopique au fort grossissement sur
urine centrifugée n’est pas reproductible et doit être proscrite pour évaluer la leucocyturie.
- A l’état physiologique, l’urine contient moins de 1.000 leucocytes
ou hématies par ml.
Quelques cellules urothéliales, témoins d’une desquamation de la
muqueuse, peuvent être observées.
La présence de cylindres, de cristaux,
doit être indiquée. La notion d’altération des
leucocytes
n’apporte pas d’élément séméiologique supplémentaire.
Culture des urines à J1
❍ La mise en culture doit permettre l'évaluation quantitative de la bactériurie.
Ce
dénombrement
peut
s'opérer par technique de l'anse calibrée (généralement à 10 µl) ou par toute autre méthode
permettant la quantification des bactéries et des levures après mise en culture.
A- Les méthodes d’ensemencement des urines :
1- Méthode originale de KASS
- Faire des dilutions en séries de 10 en 10.
- Volume connu de chaque dilution est étalé sur une boite de pétri.
2- Méthode de VERON (Méthode de KASS modifiée )
- 0.1 ml d’urine bien mélangée est diluée dans 9.9 ml d’eau distillée
stérile à l’aide d’une pipette calibrée à 0.1 ml puis 0.1 ml de cette
dilution est ensuite aussitôt étalée sur une GN avec un râteau stérilisé.
- Une double dilution de l’urine est effectuée dans certaines situations :
sondés et paraplégiques.
- On ensemence parallèlement l’urine non diluée sur un milieu sélectif
(hektoene ou BCP ou Mac Conkey qui permet d’inhiber l’envahissement
du proteus) ou enrichie (Gélose au sang) dans le cas ou on suspecte à
l’examen direct ou au Gram des germes exigeants ou déficients.
- UFC=Unités formant colonie
- Chaque colonie qui pousse à partir de l’urine diluée correspond à 1000
UFC dans 01 ml d’échantillon.
3- Méthode à l’anse calibrée
- Une anse calibrée à 1 µl ou 10 µl est utilisée pour ensemencer les géloses
nutritives et sélectives.
- On prélève verticalement avec l’anse calibrée et par capillarité une
goutte d’urine que l’on ensemence par stries sur la boîte de gélose :
une strie centrale est ensemencée puis perpendiculairement réaliser un
isolement de haut en bas de la boite en desserant légèrement les
dernières stires.
❍ Comment calculer la numération bactérienne ?
- Chaque colonie poussant sur la boite de gélose représente une unité formant colonie
(cfu)/µL (selon la taille de la boucle), ce qui équivaut à 1000 cfu/mL
- Ou , comparée à l’abaque
de lécture correspondant aux différentes concentrations de
bactéries/ml d’urines (photo suivante).
NB : N'oubliez pas que la gélose nutritive est le principal milieu utilisé pour compter
les colonies.
4- Méthode de la lame immergée
Une lame porte objet munie d’un quadrillage en relief est recouverte
de gélose CLED(Cystine – Lactose – Electrolyte – Déficient) sur une face
et de gélose Mac Conkey sur l’autre. L’intérêt de la gélose de MacConkey est d’inhiber
les
bactéries à Gram+ et le développement en
nappe des Proteus.
La lame est conservée dans un flacon cylindrique
stérile en matière plastique. Elle est fixée au couvercle du même
flacon.
- Saisir la lame par l’intermédiaire du couvercle auquelle elle est fixée,
immerger complètement les deux faces, retirer immédiatement, laisser
égoutter l’excès. Incubation 18 à 24 heures à 35°C.
La lecture est faite sur la gélose CLED (face verte) en comparant la
densité des colonies présentes sur chaque face avec une série de
reproductions étalons correspondant à : 10 3,10 4,10
5,10
6,10 7
bactéries/ml d’urine.
B-Choix des milieux de culture :
1- Milieux pour numération bactérienne :
- Les milieux utilisés doivent permettre une numération des bactéries les
plus fréquemment rencontrées, c’est à dire les entérobactéries, les
Pseudomonas , les
Staphylocoques et les
entérocoques qui sont toutes des
bactéries peu exigeantes et à cultures rapides
- En routine on utilise une gélose nutritive
(GN), Un milieu
Cysteine Lactose
Electrolytes Déficient (CLED).
2- Milieux d’isolement :
- On utilise pour l’isolement des bactéries peu exigeantes, des milieux
sélectifs tels que : gélose lactosée au bromocrésol pourpre (BCP), milieu
de MacConkey qui permet d’inhiber les bactéries à Gram+
et le
développement en nappe du Proteus et le milieu Hektoène
(milieu
lactosé).
- Si on suspecte des bactéries à croissance difficile, d’autres milieux de
culture devront être utilisés. Une gélose au sang frais ou cuit peut
permettre d’isoler des Streptocoques ou des Haemophilus. Un milieu
Loweinstein Jensen pour les Mycobactéries, Une gélose Columbia au sang
pour une recherche exceptionnelle d’anaérobies strictes.
Ⅳ.
Interprétation
de l’ECBU
❍ L’interprétation de l’examen cytobactériologique des urines doit se faire
avec
un sens critique et une collaboration étroite entre le clinicien et le
microbiologiste et dépend de plusieurs facteurs tels que :
- La qualité du prélèvement : respect des conditions d’hygiène, du temps
de transport et de la température de conservation de l’échantillon
- La technique de prélèvement utilisée (milieu du jet, sonde ….etc.)
- Le germe ou les germes identifiés (espèce bactérienne et son pouvoir
pathogène reconnu)
- Etat du malade et de ses antécédents
- Renseignements cliniques (fièvres, brûlures mictionnelles, prise
d’antibiotiques, sonde).
- Age du malade (nouveau né, personne âgée, enfant….etc.)
1. Leucocyturie :
- La leucocyturie est considérée comme le témoin de la réaction inflammatoire survenant au cours
d’une IU, sans toutefois en être spécifique.
- La présence d’une leucocyturie n’a donc pas une bonne valeur prédictive de la présence d’une
bactériurie.
- Par contre, l’absence de leucocyturie a une bonne valeur prédictive de l’absence de bactériurie
(80-90 %) et peut permettre d’exclure l’existence d’une IU dans une population non sondée.
Les tableaux regroupent les principales situations de leucocyturie aseptique (leucocyturie
sans
bactériurie)
- la leucocyturie n’est pas prédictive de la présence ou non d’une infection urinaire et n’entre
pas
dans les critères définissant l’infection urinaire sur sonde.
La leucocyturie peut néanmoins être absente dans d’authentiques IU :
- - si l’ECBU a été effectué trop tôt (l’apparition de la leucocyturie pouvant être retardée
de
quelques heures) ;
- - chez certains patients (neutropéniques) ;
- - si les urines ne sont pas traitées rapidement (les leucocytes ont pu se lyser).
2. La bactériurie :
- Elle est toujours nécessaire pour quantifier la bactériurie , préciser l’espèce bactérienne, et
effectuer un antibiogramme.
- Depuis les travaux de Kass en 1960, le seuil traditionnel de 10⁵ UFC /ml a évolué.
En effet, d’authentiques infections à E. coli ont été constatées chez des femmes symptomatiques
ayant une bactériurie comprise entre 102 et 105 UFC /ml
La même constatation a été effectuée chez l’homme Le seuil peut évoluer également selon l’espèce
bactérienne en cause..
❖ Selon KASS
- - Bactériurie ≥ 10 5 UFC/m :infection urinaire,
- - Bactériurie ≤ 10 4 UFC/ml : absence d’infection urinaire
- - Entre les deux seuils : douteux .
❖Selon Popi 2007
- - Leucocyturie pathologique ≥ 104 /ml (ou 10/mm3 )
- - ≥ 10 3 UFC/ml : cystite aigue à coliforme
- - ≥ 10 5 UFC/ml :cystites à autres bactérie
- - ≥ 104 UFC/ml :Pyélonéphrites et prostatites
- ≥ 10 3 UFC/ml: pour les IU nosocomiales
❖ Selon l’affsaps 2008
- - Leucocyturie pathologique ≥ 104 /ml (ou 10/mm3 )
- - ≥ 10 3 UFC/ml :cystite  à E coli et ENB notamment Proteus,Klb et S.
saprophyticus♀
- - ≥ 10 5 UFC/ml :cystites à autres bactérie
- - ≥ 104 UFC/ml :pyélonéphrites et prostatites
- la dernière conférence de consensus ainsi que
le référentiel européen de microbiologie de la SFM
et de l’ESCMID ,
le caractère pathogène d’un microorganisme et le seuil de bactériurie
significative dépend du type de micro-organismes et de leur niveau d’implication dans
l’étiologie des infections urinaires. Quatre groupes ont été définis:
Le groupe 1 :
Comprend des bactéries dotées de caractères particuliers de pathogénicité pour le tractus
urinaire et souvent isolées chez des patients
ne présentant pas d’anomalie de ce tractus, comme E. coli
et
S. saprophyticus .
Sur un prélèvement du deuxième jet d’urine, si la bactérie isolée est seule ou prédominante,
le
seuil proposé est de 10 3 UFC /ml.
Le groupe 2 :
Comprend l’essentiel des entérobactéries ,P. aeruginosa,S. aureus ,
Corynebacterium urealyticum,
bactéries qui se développent plus souvent sur des terrains à risque et dans un cadre
nosocomial.
Le seuil proposé quand 1 seul type bactérien est isolé est de10
3 UFC /ml chez l’homme et de10 4
UFC
/ml chez la femme . Il passe à 105 UFC /ml si 2 types bactériens sont isolés.
Le groupe 3 :
Comprend les bactéries dont l’implication comme pathogène exige un niveau de bactériurie
>10 5 UFC/mL.
Ce groupe comprend des espèces à Gram positive (Streptococcus agalactiae, les
staphylocoques a coagulase négative autre que Staphylococcus saprophyticus), à Gram
négative
(Acinetobacter spp., Stenotrophomonas maltophilia, autres Pseudomonaceae) ou les Candida
spp.
Le groupe 4 :
Espèces considérées comme contaminants qui appartiennent habituellement à la flore urétrale
ou
génitale de proximité : lactobacilles, streptocoques alpha-hémolytiques, Gardnerella
vaginalis, Bifidobacterium spp.,bacilles diphterimorphes (sauf Corynebacterium
urealyticum). Theoriquement, seul leur isolement à partir d’une ponction
sus-pubienne peut permettre de confirmer leur rôle pathogène.
Leur isolement associe à la présence de cellules épithéliales urinaires a l’examen direct
des
urines signe de façon quasi-certaine une contamination au moment du prélèvement.
tableau:Seuils de significativité de la bactériurie en fonction du groupe
d’uropathogènes dans les infections urinaires communautaires, après prélèvement en milieu de
jet.
-Cependant, en cas d’échantillon obtenu par une méthode invasive, pyélostomie,
urétérostomie ou cystoscopie, toute bactériurie supérieure au seuil de détection
(habituellement
10 2 UFC/ml pour 10 µL d’urine ensemencée) doit être considérée comme
significative.
Pour les urines prélevées par ponction sus-pubienne,
l’ensemencement de 100 µL d’urine permet de retenir un seuil de 10 UFC/m
- En cas de bactériurie significative dans un contexte clinique évocateur, la réponse doit
indiquer
l’infection probable. Le dénombrement, l’identification et un antibiogramme sont réalisés.
- Si la bactériurie est inférieure à ces seuils : la réponse doit indiquer le dénombrement et
l’absence d’infection urinaire en l’absence d’antibiothérapie en cours.
- La prise récente d’antibiotiques, l’hyperhy- dratation du patient qui entraîne une dilution
des urines ou un temps de stase urinaire vésicale insuffisant lors du prélèvement peuvent
abaisser
la bactériurie dans d’authentiques infections urinaires.
- Dans tous les cas de discordance entre un tableau clinique évident d’infection urinaire et une
bactériurie et/ou leucocyturie inférieure au seuil, la clinique doit primer et en cas de doute
quant
à la qualité du prélèvement ou la signification des symptômes, un second prélèvement peut être
effectué.
tableau: Infections urinaires communautaires et associées aux soins :
interprétation en fonction de la présence de signes cliniques, d’une leucocyturie et d’une
bactériurie.
❖ l’Infection urinaire associée au soins définit
par:
Présence au (-) un des signes cliniques suivants:Fièvre sup à 38°C, impériosité mictionnelle
douleur
sus pubienne en l’absence d’autre causes infectieuses ou non
Avec un des critères biologiques à l’ECBU:
- - Leucocyturie ≥10 4 L/ml et bactériurie ≥10 3 UFC/ml avec au plus 2
micro-organismes différents chez les patients sans sondage ni autre abord de l’arbre
urinaire
- - Bactériurie ≥ 10 5 UFC/ml avec au plus 2 micro-organismes différents chez les
patients avec sondage vésical ou autre abord de l’arbre urinaire , en cours ou dans les 7
jours
précédents
❖ patients porteurs d’un cathéter urinaire
:
- Les symptômes sont rarement présents et la leucocyturie est d’autant plus fréquente que la
durée du
sondage est longue
- La recherche systématique d’une bactériurie asymptomatique ne semble justifié que chez les
patients
à risques de complications et pour lesquelles un traitement doit être mis en œuvre ou dans un
objectif des surveillances épidémiologique.
- Le critère essentiel à prendre en compte en absence de signe cliniques est une bactériurie ≥ 10
3 ufc/ml sur urines prélevées par ponction de la sonde sans tenir copte la
leucocyturie;
❖ Candidurie :
- Se rencontre essentiellement chez les patients porteurs d’un cathétérisme urinaire ou ayant
subi
une endoscopie ou un acte chirurgical et traités par ATB