ECBU | Examen bactériologique des Urines


☰ Sommaire :

Ⅰ. ECBU: Modalité de prélèvement

1. Recueil des urines chez l’adulte


  1. Le milieu de jet, représentatif de l’urine vésicale, doit être recueilli de façon à éviter sa contamination par la flore commensale de l’urètre et, chez la femme, de la région génitale externe.
  2. Le prélèvement doit de préférence être réalisé au moins 4h après la miction précédente, afin de permettre une stase suffisamment longue dans la vessie.
  3. Dans la mesure du possible, réaliser l’ECBU AVANT toute antibiothérapie.
  4. Se laver les mains avec une solution hydro-alcoolique
  5. Réaliser une toilette soigneuse au savon de la région vulvaire chez la femme ou du méat urinaire chez l’homme.
  6. Rincer à l’eau puis réaliser une antiseptie de la zone uro-génitale à l’aide d’une compresse stérile imbibée d’antiseptique. Essuyer l’excès d’antiseptique à l’aide d’une compresse stérile.
  7. Éliminer le premier jet (20 ml) d’urines pour ne recueillir dans le flacon stérile à bouchon bleu que les 20-30 ml suivants en prenant soin de ne pas toucher le bord supérieur du récipient.
  8. Recueillir les urines dans le flacon stérile . Fermer hermétiquement le flacon et nettoyer l’extérieur du pot.
  9. Identifier le tube et le porter immédiatement au laboratoire accompagné de sa prescription et de l’heure de prélèvement
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2. Recueil des urines chez le nourrisson et le jeune enfant


  1. Chez l’enfant ayant des mictions volontaires, le mode opératoire est le même que pour l’adulte.
  2. Il est préférable d’utiliser cette technique du milieu de jet également chez les nourrissons et les enfants trop jeunes pour uriner volontairement.
  3. Cependant, dans le cas où il n’est vraiment pas possible de la mettre en œuvre, un collecteur d’urine peut être utilisé
  4. Il doit impérativement :
    • Être posé après désinfection soigneuse de la vulve, du méat urinaire et du périnée ou du gland et du prépuce.
    • Être laissé en place 30 minutes maximum. Passé ce délai, il faut impérativement remplacer le collecteur
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3. Recueil des urines chez le patient sondé à demeure


-Il ne faut jamais prélever dans le sac collecteur (pullulation microbienne+++) ou déconnecter la sonde du sac collecteur.

- Le recueil s’effectue par ponction sur le site spécifique du dispositif de sonde, après désinfection soignée et clampage de la tubulure.

-Dans le cas d’un ECBU à réaliser lors d’un changement de sonde, recueillir l’urine à partir de la nouvelle sonde (résultat plus représentatif des micro-organismes réellement présents).

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4. Recueil des urines chez le patient incontinent


  1. Il est préférable d’éviter au maximum le recueil d’urines par sondage urinaire aller/retour. Cette technique impose une désinfection soigneuse préalable de la zone uro-génitale et l’élimination des premières gouttes d’urine recueillies.
  2. Chez la femme, ce geste n’est acceptable que lorsque le recueil des urines lors d’une miction est impossible.
  3. Chez l’homme, il est préférable d’effectuer le recueil par un collecteur pénien, voire par un cathétérisme sus-pubien en cas de rétention d’urine, afin d’éviter le risque de prostatite lié au sondage.

5. Recueil des urines par ponction sus pubienne


- « Gold standard » du recueil des urines : meilleure représentation de la présence de bactéries dans la vessie (notamment chez les patients sondés à demeure).

-A réaliser après une désinfection soigneuse des téguments, par ponction directement dans la vessie.

  1. La vessie doit être pleine et repérable (la dernière miction doit remonter à 4-5 heures ).
  2. Vérifier la présence d'un globe vésical par pression de la région sus-pubienne.
  3. Utiliser une aiguille type ponction lombaire ou intra-musculaire.
  4. Réaliser une toilette minutieuse de la zone sus-pubienne avec de l'eau et du savon. Rincer, puis réaliser l'antisepsie de la zone sus-pubienne avec une compresse stérile imbibée d'antiseptique. Eliminer l’excès d’antiseptique à l’aide d’une compresse stérile.
  5. Introduire l’aiguille au-dessus de la symphyse, dans le plan de la ligne blanche (l’aiguille dirigée vers le bas)

6. Cas particuliers

❐ Recherche d’IST (C.trachomatis, N. gonorrhoeae, mycoplasmes génitaux)

- Il est impératif pour ces recherches de recueillir les urines du premier jet (5 à 10 ml) dans un pot stérile . Il est préférable d’effectuer ce recueil le matin ou après une continence d’au moins 2h.

- L’urine de 1 er jet remplace le prélèvement urétral chez l’homme.

- Les germes responsables d’IST étant intracellulaires, il est indispensable d’obtenir un échantillon contenant suffisamment de cellules (urétrales chez l’homme et urétrales et cervicales chez la femme).


❐ Recherche de mycobactéries

-A effectuer sur la totalité de la première miction du matin, 3 jours de suite après restriction hydrique la veille au soir.


❐ Recherche de bilharziose (Schistosoma haematobium)

- Trois types de prélèvements sont possibles :

  • - Urines de 24h
  • - Totalité de la 1 ère miction du matin
  • - totalité d’une miction émise après un effort (montée d’escalier, marche, …),

Ⅱ. Transport et conservation

  • Elle doit être acheminée rapidement au laboratoire
  • Elle ne doit pas rester plus de 2heures à température ambiante.
  • Elle peut être conserver 24 heures a + 4 °c sans modification de la bactériurie (en sachant que la réfrigération ne préserve pas les leucocytes)
  • Des milieux de transport contenant de l’acide borique (bactériostatique) permettent de conserver les urines à température ambiante pendant 48 heures.

Ⅲ. Méthodologique


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Examen macroscopique des urines à J1

❍ Homogénéiser l’urine par retournement ou par agitation mécanique et noter l’aspect:

  • Urines claires.
  • Troubles purulentes
  • sanglantes hématurie
  • Ictérique jaune brin
  • Rouge, vert origine alimentaire ou médicamenteuse
  • Présence de dépôt: cristallin, blanchâtre (phosphate), rouge brique (acide urique), rose (Urate de soude)

Examen microscopique des urines à J1 :

❍ Examen à l’état frais C’est un examen qui se fait entre lame et lamelle, sur cellule hématimétrique ; il présente de ce fait un double intérêt : quantitatif et qualitatif

❖Quantitatif(Urine entière) :

Sur urine homogénéisée: Numération des leucocytes sur cellule Nageotte ou malassez (Ou à défaut de ces cellules (entre lame et lamelle)) d’automate cytologie urinaire.

❖Qualitatif(Centrifugation) :

-Etat frais : recherche des bactéries et de cellules (hématies,levures...)

- frottis coloré au bleu de méthylène la nature des cellules inflammatoires et forme de bactéries

- frottis coloré au Gram: voir les bactéries

- frottis coloré au Ziehl Neelsen: rechercher les mycobactéries


NB

  • Les différents éléments figurés, contenus dans un volume donné d’urine préalablement homogénéisée, sont dénombrés à l’aide d’un dispositif à numération de type cellule de Malassez à usage unique, et leur nombre rapporté par millilitre.
  • La méthode de numération semi-quantitative par champ microscopique au fort grossissement sur urine centrifugée n’est pas reproductible et doit être proscrite pour évaluer la leucocyturie.
  • A l’état physiologique, l’urine contient moins de 1.000 leucocytes ou hématies par ml. Quelques cellules urothéliales, témoins d’une desquamation de la muqueuse, peuvent être observées. La présence de cylindres, de cristaux, doit être indiquée. La notion d’altération des leucocytes n’apporte pas d’élément séméiologique supplémentaire.

Culture des urines à J1

❍ La mise en culture doit permettre l'évaluation quantitative de la bactériurie. Ce dénombrement peut s'opérer par technique de l'anse calibrée (généralement à 10 µl) ou par toute autre méthode permettant la quantification des bactéries et des levures après mise en culture.

A- Les méthodes d’ensemencement des urines :

1- Méthode originale de KASS

- Faire des dilutions en séries de 10 en 10.

- Volume connu de chaque dilution est étalé sur une boite de pétri.


2- Méthode de VERON (Méthode de KASS modifiée )

- 0.1 ml d’urine bien mélangée est diluée dans 9.9 ml d’eau distillée stérile à l’aide d’une pipette calibrée à 0.1 ml puis 0.1 ml de cette dilution est ensuite aussitôt étalée sur une GN avec un râteau stérilisé.

- Une double dilution de l’urine est effectuée dans certaines situations : sondés et paraplégiques.

- On ensemence parallèlement l’urine non diluée sur un milieu sélectif (hektoene ou BCP ou Mac Conkey qui permet d’inhiber l’envahissement du proteus) ou enrichie (Gélose au sang) dans le cas ou on suspecte à l’examen direct ou au Gram des germes exigeants ou déficients.



3- Méthode à l’anse calibrée

- Une anse calibrée à 1 µl ou 10 µl est utilisée pour ensemencer les géloses nutritives et sélectives.

- On prélève verticalement avec l’anse calibrée et par capillarité une goutte d’urine que l’on ensemence par stries sur la boîte de gélose : une strie centrale est ensemencée puis perpendiculairement réaliser un isolement de haut en bas de la boite en desserant légèrement les dernières stires.

❍ Comment calculer la numération bactérienne ?

  • Chaque colonie poussant sur la boite de gélose représente une unité formant colonie (cfu)/µL (selon la taille de la boucle), ce qui équivaut à 1000 cfu/mL
  • Ou , comparée à l’abaque de lécture correspondant aux différentes concentrations de bactéries/ml d’urines (photo suivante).
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NB : N'oubliez pas que la gélose nutritive est le principal milieu utilisé pour compter les colonies.


4- Méthode de la lame immergée

Une lame porte objet munie d’un quadrillage en relief est recouverte de gélose CLED(Cystine – Lactose – Electrolyte – Déficient) sur une face et de gélose Mac Conkey sur l’autre. L’intérêt de la gélose de MacConkey est d’inhiber les bactéries à Gram+ et le développement en nappe des Proteus.
La lame est conservée dans un flacon cylindrique stérile en matière plastique. Elle est fixée au couvercle du même flacon.

- Saisir la lame par l’intermédiaire du couvercle auquelle elle est fixée, immerger complètement les deux faces, retirer immédiatement, laisser égoutter l’excès. Incubation 18 à 24 heures à 35°C.

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B-Choix des milieux de culture :

1- Milieux pour numération bactérienne :

  • Les milieux utilisés doivent permettre une numération des bactéries les plus fréquemment rencontrées, c’est à dire les entérobactéries, les Pseudomonas , les Staphylocoques et les entérocoques qui sont toutes des bactéries peu exigeantes et à cultures rapides
  • En routine on utilise une gélose nutritive (GN), Un milieu Cysteine Lactose Electrolytes Déficient (CLED).

2- Milieux d’isolement :

- On utilise pour l’isolement des bactéries peu exigeantes, des milieux sélectifs tels que : gélose lactosée au bromocrésol pourpre (BCP), milieu de MacConkey qui permet d’inhiber les bactéries à Gram+ et le développement en nappe du Proteus et le milieu Hektoène (milieu lactosé).

- Si on suspecte des bactéries à croissance difficile, d’autres milieux de culture devront être utilisés. Une gélose au sang frais ou cuit peut permettre d’isoler des Streptocoques ou des Haemophilus. Un milieu Loweinstein Jensen pour les Mycobactéries, Une gélose Columbia au sang pour une recherche exceptionnelle d’anaérobies strictes.

Ⅳ. Interprétation de l’ECBU


L’interprétation de l’examen cytobactériologique des urines doit se faire avec un sens critique et une collaboration étroite entre le clinicien et le microbiologiste et dépend de plusieurs facteurs tels que :

  • La qualité du prélèvement : respect des conditions d’hygiène, du temps de transport et de la température de conservation de l’échantillon
  • La technique de prélèvement utilisée (milieu du jet, sonde ….etc.)
  • Le germe ou les germes identifiés (espèce bactérienne et son pouvoir pathogène reconnu)
  • Etat du malade et de ses antécédents
  • Renseignements cliniques (fièvres, brûlures mictionnelles, prise d’antibiotiques, sonde).
  • Age du malade (nouveau né, personne âgée, enfant….etc.)

1. Leucocyturie :

- La leucocyturie est considérée comme le témoin de la réaction inflammatoire survenant au cours d’une IU, sans toutefois en être spécifique.

- La présence d’une leucocyturie n’a donc pas une bonne valeur prédictive de la présence d’une bactériurie.

- Par contre, l’absence de leucocyturie a une bonne valeur prédictive de l’absence de bactériurie (80-90 %) et peut permettre d’exclure l’existence d’une IU dans une population non sondée.

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Les tableaux regroupent les principales situations de leucocyturie aseptique (leucocyturie sans bactériurie)

- la leucocyturie n’est pas prédictive de la présence ou non d’une infection urinaire et n’entre pas dans les critères définissant l’infection urinaire sur sonde.

La leucocyturie peut néanmoins être absente dans d’authentiques IU :

  • - si l’ECBU a été effectué trop tôt (l’apparition de la leucocyturie pouvant être retardée de quelques heures) ;
  • - chez certains patients (neutropéniques) ;
  • - si les urines ne sont pas traitées rapidement (les leucocytes ont pu se lyser).

2. La bactériurie :

- Elle est toujours nécessaire pour quantifier la bactériurie , préciser l’espèce bactérienne, et effectuer un antibiogramme.

- Depuis les travaux de Kass en 1960, le seuil traditionnel de 10⁵ UFC /ml a évolué. En effet, d’authentiques infections à E. coli ont été constatées chez des femmes symptomatiques ayant une bactériurie comprise entre 102 et 105 UFC /ml La même constatation a été effectuée chez l’homme Le seuil peut évoluer également selon l’espèce bactérienne en cause..

❖ Selon KASS

  • - Bactériurie ≥ 10 5 UFC/m :infection urinaire,
  • - Bactériurie ≤ 10 4 UFC/ml : absence d’infection urinaire
  • - Entre les deux seuils : douteux .

❖Selon Popi 2007

  • - Leucocyturie pathologique ≥ 104 /ml (ou 10/mm3 )
  • - ≥ 10 3 UFC/ml :cystite aigue à coliforme
  • - ≥ 10 5 UFC/ml :cystites à autres bactérie
  • - ≥ 104 UFC/ml :pyélonéphrites et prostatites
  • ≥ 10 3 UFC/ml: pour les IU nosocomiales

❖ Selon l’affsaps 2008

  • - Leucocyturie pathologique ≥ 104 /ml (ou 10/mm3 )
  • - ≥ 10 3 UFC/ml :cystite  à E coli et ENB notamment Proteus,Klb et S. saprophyticus♀
  • - ≥ 10 5 UFC/ml :cystites à autres bactérie
  • - ≥ 104 UFC/ml :pyélonéphrites et prostatites

- la dernière conférence de consensus ainsi que le référentiel européen de microbiologie de la SFM et de l’ESCMID , le caractère pathogène d’un microorganisme et le seuil de bactériurie significative dépend du type de micro-organismes et de leur niveau d’implication dans l’étiologie des infections urinaires. Quatre groupes ont été définis:

Le groupe 1 :

Comprend des bactéries dotées de caractères particuliers de pathogénicité pour le tractus urinaire et souvent isolées chez des patients ne présentant pas d’anomalie de ce tractus, comme E. coli et S. saprophyticus . Sur un prélèvement du deuxième jet d’urine, si la bactérie isolée est seule ou prédominante, le seuil proposé est de 10 3 UFC /ml.

Le groupe 2 :

Comprend l’essentiel des entérobactéries ,P. aeruginosa,S. aureus , Corynebacterium urealyticum, bactéries qui se développent plus souvent sur des terrains à risque et dans un cadre nosocomial. Le seuil proposé quand 1 seul type bactérien est isolé est de10 3 UFC /ml chez l’homme et de10 4 UFC /ml chez la femme . Il passe à 105 UFC /ml si 2 types bactériens sont isolés.

Le groupe 3 :

Comprend les bactéries dont l’implication comme pathogène exige un niveau de bactériurie >10 5 UFC/mL. Ce groupe comprend des espèces à Gram positive (Streptococcus agalactiae, les staphylocoques a coagulase négative autre que Staphylococcus saprophyticus), à Gram négative (Acinetobacter spp., Stenotrophomonas maltophilia, autres Pseudomonaceae) ou les Candida spp.

Le groupe 4 :

Espèces considérées comme contaminants qui appartiennent habituellement à la flore urétrale ou génitale de proximité : lactobacilles, streptocoques alpha-hémolytiques, Gardnerella vaginalis, Bifidobacterium spp.,bacilles diphterimorphes (sauf Corynebacterium urealyticum). Theoriquement, seul leur isolement à partir d’une ponction sus-pubienne peut permettre de confirmer leur rôle pathogène. Leur isolement associe à la présence de cellules épithéliales urinaires a l’examen direct des urines signe de façon quasi-certaine une contamination au moment du prélèvement.

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tableau:Seuils de significativité de la bactériurie en fonction du groupe d’uropathogènes dans les infections urinaires communautaires, après prélèvement en milieu de jet.


-Cependant, en cas d’échantillon obtenu par une méthode invasive, pyélostomie, urétérostomie ou cystoscopie, toute bactériurie supérieure au seuil de détection (habituellement 10 2 UFC/ml pour 10 µL d’urine ensemencée) doit être considérée comme significative. Pour les urines prélevées par ponction sus-pubienne, l’ensemencement de 100 µL d’urine permet de retenir un seuil de 10 UFC/m

- En cas de bactériurie significative dans un contexte clinique évocateur, la réponse doit indiquer l’infection probable. Le dénombrement, l’identification et un antibiogramme sont réalisés.

- Si la bactériurie est inférieure à ces seuils : la réponse doit indiquer le dénombrement et l’absence d’infection urinaire en l’absence d’antibiothérapie en cours.

- La prise récente d’antibiotiques, l’hyperhy- dratation du patient qui entraîne une dilution des urines ou un temps de stase urinaire vésicale insuffisant lors du prélèvement peuvent abaisser la bactériurie dans d’authentiques infections urinaires.

- Dans tous les cas de discordance entre un tableau clinique évident d’infection urinaire et une bactériurie et/ou leucocyturie inférieure au seuil, la clinique doit primer et en cas de doute quant à la qualité du prélèvement ou la signification des symptômes, un second prélèvement peut être effectué.

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tableau: Infections urinaires communautaires et associées aux soins : interprétation en fonction de la présence de signes cliniques, d’une leucocyturie et d’une bactériurie.


❖ l’Infection urinaire associée au soins définit par:

Présence au (-) un des signes cliniques suivants:Fièvre sup à 38°C, impériosité mictionnelle douleur sus pubienne en l’absence d’autre causes infectieuses ou non

Avec un des critères biologiques à l’ECBU:

  • - Leucocyturie ≥10 4 L/ml et bactériurie ≥10 3 UFC/ml avec au plus 2 micro-organismes différents chez les patients sans sondage ni autre abord de l’arbre urinaire
  • - Bactériurie ≥ 10 5 UFC/ml avec au plus 2 micro-organismes différents chez les patients avec sondage vésical ou autre abord de l’arbre urinaire , en cours ou dans les 7 jours précédents
❖ patients porteurs d’un cathéter urinaire :

- Les symptômes sont rarement présents et la leucocyturie est d’autant plus fréquente que la durée du sondage est longue

- La recherche systématique d’une bactériurie asymptomatique ne semble justifié que chez les patients à risques de complications et pour lesquelles un traitement doit être mis en œuvre ou dans un objectif des surveillances épidémiologique.

- Le critère essentiel à prendre en compte en absence de signe cliniques est une bactériurie ≥ 10 3 ufc/ml sur urines prélevées par ponction de la sonde sans tenir copte la leucocyturie;

❖ Candidurie :

- Se rencontre essentiellement chez les patients porteurs d’un cathétérisme urinaire ou ayant subi une endoscopie ou un acte chirurgical et traités par ATB