Les objectifs de l'analyse microbiologique sont divers. Le plus fréquemment, il s'agit pour le laboratoire de mettre en évidence la ou les bactéries(virus) responsables d'une infection, d'effectuer une identification précise du ou des pathogènes , de s'assurer de l 'efficacité de traitement probabiliste
Le diagnostic microbiologique passe par plusieurs étapes qui se succèdent et s'intriguent et dont le bon déroulement conditionne la fiabilité des résultats
L'étape cruciale dans tout processus est l'interprétation des résultats de la phase analytique. En microbiologie médicale,pour chaque prélèvement le microbiologiste suit un algorithme établi par les autorités savantes permettant d 'incriminer le microrganisme en cause