Souches bactériennes de référence | Définition | Maintien des cultures | Nombre de passage
Ⅰ. Définition | Souche type | Souche de référence
La souche bactérienne type est la souche sur laquelle se base la description d'une espèce et n'est pas toujours la plus typique représentative d'une espèce. Les souches types servent de points de référence fixes pour l'attribution des noms bactériens.
J.P. Euzéby « En bactériologie, une espèce est constituée par sa souche type et par l'ensemble des souches considérées comme suffisamment proches de la souche type pour être incluses au sein de la même espèce ».
Les souches bactériennes de référence sont définies comme tout micro-organisme acquis à partir d'une collection de cultures reconnue. Elle constitue l’étalon qui permet de lui comparer d’autres souches.
Ⅱ.Considération générale
Différents noms sont attribués aux souches de référence, dans diverses publications du CLSI ( Clinical & Laboratory Standards Institute) et de l'USP (United States Pharmacopeial ), ces cultures sont appelées souches de contrôle, cultures standard, souches de référence, souches d'essai et souches de contrôle qualité.
Il existe plusieurs désignations en fonction de l’organisation : ATCC (American Type Culture Collection), CCUG (Culture Collection of University of Gothenburg) et NCTC (National Collection of Type Cultures), sont ensuite répertoriées
Example : La souche NCTC 9001 (Escherichia coli) est la même que la souche ATCC 11775.
Ⅲ. Maintien des cultures et nombre de passage
Il existe encore une certaine confusion, en particulier lors de la détermination du nombre de repiquages autorisés au-delà de la souche de référence.
Selon USP, « Un passage est défini comme le transfert d'organismes d'une culture viable vers un milieu frais. Toute forme de repiquage est considérée comme un transfert/passage. »
Seed lot system : La souche de référence est repiquée en plusieurs réplicats à la fois, tous en un seul passage (le premier passage « stock cultures »). Ces réplicats de la culture mère sont repiquées (le deuxième passage « cultures de travail ») pour faire des répliques de cultures de travail
Les cultures de travail sont souvent conservées de manière inclinée, et ce sont ces sous-cultures qui soulèvent des questions sur le nombre de passages.
☰ Combien de passages sont recommandés ou acceptables en laboratoire ?
Il est admis que le nombre de passages doit être minimisé pour réduire autant que possible la possibilité de variations phénotypiques, de dérive génétique et de contamination, mais les organismes de normalisation diffèrent quant au nombre de passages acceptables.
Selon les normes USP : Les meilleures pratiques de laboratoire en microbiologie stipule que « le nombre de transferts de cultures de contrôle de travail doit être suivi pour éviter une sous-culture excessive qui augmente le risque d'altération ou de mutation phénotypique »
L'USP indique clairement que les cultures de travail utilisées pour les tests ne doivent pas comporter plus de cinq passages de la culture de référence ATCC. L'USP 36-NF 31 stipule : « Les micro-organismes viables utilisés dans le test ne doivent pas être retirés de plus de cinq passages de la culture ATCC d'origine. »
Selon NCTC « pas plus de quatre passages pour les souches authentifiées par le NCTC. »
Ⅳ. Stockage
La température de stockage (souches de stock et des souches de travail ) peut affecter les caractéristiques de croissance et la viabilité.
Les recommandations du CLSI incluent un stockage entre -50°C et -70°C pendant un an ou en dessous de -70°C indéfiniment, ou -20°C ou moins (de préférence en dessous de -70°C) pour un stockage prolongé.
Le stockage des cultures de travail est recommandé entre 2°C et 8°C jusqu'à quatre semaines.
L'USP 36-NF 31 recommande le stockage dans l'azote liquide ou un congélateur mécanique en dessous −50°