Les bactéries sont identifiées dans les laboratoires par diverses méthodes, notamment la microscopie (état frais, après coloration), l'observation des caractéristiques de croissance (liste des milieux de culture), la détermination des réactions aux composés organiques et inorganiques (Galerie API, techniques microbiologiques) ainsi que par des techniques moléculaires.
Les figures suivantes illustrent des algorithmes décisionnelles pour faciliter l'identification bactériennes .