Les bactéries sont identifiées dans les laboratoires par diverses méthodes, notamment la microscopie ( état frais , après coloration ), l'observation des caractéristiques de croissance (liste des milieux de culture), la détermination des réactions aux composés organiques et inorganiques ( Galerie API, Techniques microbiologiques ) et les techniques moléculaires.
Les figures suivantes illustrent des algorithmes décisionnelles pour faciliter l'identification bactériennes .