Les zoonoses virales

La rage : Classification

La rage : Structure

- Le virus rabique est un virus enveloppé présentant en microscopie électronique une forme d’obus.

- La taille des virions est d’environ 100-300 nm de long sur 75 nm de diamètre.

- Ces virions sont constitués d’une nucléocapside centrale de symétrie hélicoïdale entourée d’une enveloppe lipidique empruntée à la cellule lors du bourgeonnement.

- L’enveloppe comporte deux protéines d’origine virale, la glycoprotéine G et la protéine de matrice M.

- La nucléocapside est constituée de l’ARN génomique (environ 12 000 nucléotides) associé à trois protéines virales : la nucléoprotéine (N), l’ARN polymérase ARN dépendante (L) et la phosphoprotéine (P).

☵ Le génome : ARN linéaire, monocaténaire, non segmenté, non polyadénylé et de polarité négative. La transcription de 3’en 5’aboutit à la production séquentielle de 5 ARN messagers (ARNm) en quantité décroissante, monocistroniques coiffés et polyadénylés, codant pour les protéines N, M, P, G et L

- La protéine N est étroitement liée à l’ARN sur la totalité de sa longueur. Les protéines P et L ont un rôle fonctionnel important dans les phénomènes de transcription et de réplication du génome viral.

Propriétés du virus

C’est un virus fragile, sensible à la chaleur, à la lumière et à la dessiccation, il est également détruit par le savon, les dérivés d’ammonium quaternaire et l’éther.

Selon l’OMS, 55000 décès sont enregistrés chaque année dans le monde et 25000 cas de décès en Afrique, 2^ème continent le plus touché après l’Asie. Ces chiffres place la rage au 10^ème rang des maladies infectieuses mortelles. En Algérie, en moyenne de 15 à 20 cas est notifié annuellement.

Transmission de la rage

- La morsure par un animal enragé est le mode de contamination le plus fréquent. L’effraction cutanée permet au virus présent dans la salive de l’animal de pénétrer dans l’organisme.

- La griffade et le léchage d’une peau érodée ou d’une muqueuse sont des voies de contamination possible.

- La transmission par voie aérienne a été observée chez des sujets ayant pénétré dans une grotte peuplée de chauvessouris enragées.

- Des cas de rage après greffe de cornée ont également été rapportés.

- Enfin, la manipulation d’animaux morts sans gant constitue aussi un danger. L’animal est contaminant dans les 5 à 7 jours qui précèdent l’apparition des signes cliniques et ce jusqu’à sa mort.

Réservoir de la rage

- Le chien représente la principale espèce animale réservoir dans le monde (il est à l’origine d’environ 99 % des décès humains). Cependant de très nombreuses autres espèces de mammifères jouent le rôle de réservoirs. Elles appartiennent à 2 ordres : celui des chiroptères et celui des carnivores.

Après une morsure, le virus se multiplie au niveau de la plaie et dans les cellules musculaires avant de migrer vers le système nerveux. Sa présence est détectable pendant 2 à 3 jours au niveau du point d’inoculation.

La migration du virus ne se fait pas par dissémination virémique mais par propagation à travers le flux axoplasmique rétrograde.

Les neurones et les cellules gliales sont les cibles privilégiées du virus où il se multiplie rapidement.

Dans un second temps, il va diffuser de façon centrifuge et atteindre tous les organes dont les glandes salivaires. C’est la destruction progressive des tissus nerveux qui conduit inéluctablement au décès du patient.

Incubation

- La durée d’incubation de la rage est habituellement de 1 à 3 mois mais peut s’étendre de moins d’une semaine à 1 an, en fonction de facteurs tels que:

• - Le site de pénétration du virus
• - La charge virale
• - La richesse en terminaisons nerveuses ; les extrémités (main, pieds), le visage et le cuir chevelu sont des zones particulièrement innervées.

- Cette phase est totalement asymptomatique

Phase prodromique

Les symptômes initiaux comportent de la fièvre accompagnée de douleurs ou de fourmillements, démangeaisons ou sensations de brûlure inexpliqués (paresthésie) à l’endroit de la blessure. La propagation du virus dans le système nerveux central entraîne une inflammation progressive et mortelle de l’encéphale et de la moelle épinière. Ces signes durent en moyenne une semaine et font place à la phase d’état.

Phase d’état

Au cours de cette phase, on note une augmentation des troubles du comportement ainsi qu’une anxiété majeure. La rage existe sous 2 formes:

La forme « furieuse », avec une hyperactivité du malade, une excitabilité, une hydrophobie (peur de l’eau) et parfois une aérophobie (peur des courants d’air ou de l’air frais). Le décès survient en quelques jours par arrêt cardiorespiratoire.

La forme paralytique, dans environ 30% des cas humains. L’évolution est alors moins spectaculaire et en général plus longue que pour la rage furieuse. Les muscles se paralysent progressivement, à partir de l’endroit de la morsure ou de l’égratignure. Le coma s’installe lentement et le patient finit par mourir. Les cas de rage paralytique sont souvent mal diagnostiqués, ce qui contribue à la sous-notification de la maladie.

Ce diagnostic biologique de la rage animale ou humaine est réalisé exclusivement dans des centres de référence habilités, en laboratoire de confinement L2, voire L3

Prélèvements

☵ Chez l’homme : Le prélèvement de choix pour le diagnostic intra-vitam de la rage humaine est la biopsie cutanée obtenue au niveau d’une zone richement innervée (préférentiellement à la base de la nuque dans une zone riche en follicules pileux). La salive est le second prélèvement à analyser. Elle doit être collectée par écouvillonnage ou par recueil direct et de façon séquentielle (au minimum 3 heures d’intervalle entre deux prélèvements) à cause l’excrétion intermittente du virus dans la salive.

Les prélèvements d’urine, de LCR et de sérum peuvent être également réalisés, bien que la sensibilité diagnostique soit plus faible.

Les empreintes de cornées réalisées du vivant du patient sont à proscrire. En cas de décès du patient, des prélèvements cérébraux (biopsies de cortex cérébral, d’hippocampe ou de cervelet) peuvent être réalisés

☵ Chez l’animal : Le diagnostic est exclusivement réalisé sur l’animal mort à partir de prélèvements cérébraux au niveau du bulbe rachidien et de l’hippocampe, voire du cortex cérébral ou du cervelet.

Transport et acheminement

Les prélèvements doivent être conservés et expédiés congelés, ceci afin de garantir au maximum l’intégrité de ces échantillons biologiques, et donc du virus potentiellement présent

Les techniques de diagnostic

☲ Détection des antigènes rabiques :

* Deux parties anatomiques cérébrales doivent être analysées par animaux (et par patient si elles sont disponibles), la répartition du virus au sein du cerveau n’étant pas homogène.

☲ Isolement du virus rabique :

Cette technique est réalisée sur culture cellulaire (cellules de type neuroblastomes murins) à partir de broyats cérébraux, parfois de salive chez l’homme.

Elle est rapide (moins de 24 heures) et très sensible, à condition que le virus ait conservé son pouvoir infectieux. La présence d’inclusions virales dans le cytoplasme des cellules est révélée par immunofluorescence directe.

☲ Détection des ARN viraux et typage de la souche virale :

En cas de positivité, l’identification et le typage du lyssavirus est systématiquement réalisé par séquençage et analyse phylogénique de différents gènes viraux (gène de la nucléoprotéine, de la polymérase, de la glycoprotéine, voire du génome complet). Cette analyse est essentielle pour déterminer l’espèce, l’origine géographique, l’espèce animale à laquelle l’isolat est préférentiellement adapté, et mettre en évidence de nouveaux variants.

☲ Détection des anticorps antirabiques :

La recherche et le titrage des anticorps spécifiques de la rage peuvent se faire à partir du sérum ou du LCR. La méthode de référence est la technique de séroneutralisation virale en culture cellulaire (technique de réduction des foyers de fluorescence).

Une autre technique de dosage des anticorps antirabiques plus simple et plus rapide consiste à doser les Ig G antirabiques spécifiques par test immunoenzymatique.

L’épreuve sérologique reste d’un intérêt limité dans le diagnostic de la rage, car les anticorps n’apparaissent qu’au stade ultime d’évolution de la maladie, mais elle est pratiquée pour le suivi des sujets vaccinés ou traités. (Le taux d’anticorps protecteurs doit être supérieur ou égal à 0,5 unités internationales par mL (UI/ml) chez une personne vaccinée)

Les soins locaux doivent être réalisés en priorité : il faut nettoyer la plaie à l’eau et au savon suivi de l’application d’un antiseptique (chlorhexidine ou solution iodée).

La prophylaxie antitétanique ne doit pas être négligée et l’administration d’une antibiothérapie par amoxicilline + acide clavulanique ou tétracyclines (chez les enfants de plus de 8 ans) pendant 7 jours doit être envisagée au moindre doute d’infection, en cas de plaie délabrée et nécrosée ou s’il s’agit d’un sujet fragile (alcoolique, splénectomisé, immunodéprimé).

☲ Catégories de contact et prophylaxie post- exposition chez un sujet non préalablement vacciné (PPE) :

1- L’interrogatoire d’un enfant < 6 ans ne peut le plus souvent être considéré comme fiable.

2- Un contact avec des rongeurs, lapins, lièvres exige de façon exceptionnelle un traitement, ces animaux n’étant nulle part dans le monde un réservoir de la rage.

3- S’il s’agit d’un chat, d’un chien ou d’un furet identifié provenant d’un secteur à faible risque ou vacciné et qu’il est placé en observation, on pourra retarder la mise en route du traitement.

4- La période d’observation vétérinaire est de 10 jours selon l’OMS pour les chiens, les chats et les furets pour lesquels la phase de contagiosité précédant les signes cliniques ne dépasse pas cette durée. On ne peut tenir compte des résultats de la période d’observation en pratique clinique si un animal autre que le chien, le chat ou le furet est impliqué. Si la mise sous surveillance vétérinaire n’est pas réalisable ou en cas de signes cliniques observés pendant la période d’observation, les animaux mordeurs seront euthanasiés pour permettre la réalisation des examens de laboratoire appropriés.

☲ Protocoles vaccinaux pré- et post-exposition validés par l’OMS :

*Rapid Fluorescent Focus Inhibition Test

Les arbovirus regroupent un ensemble hétérogène de virus enveloppés à ARN appartenant à des familles et à des genres différents.

Il existe plus de 500 arbovirus dont une centaine est pathogène pour l’Homme. Près des 2/3 des arbovirus impliqués en pathologie humaine appartiennent à 3 familles qui sont :

*En annexe, les principaux arbovirus pathogènes pour l’homme.

La traduction du ou des ORF aboutit à la synthèse d’une ou de deux polyprotéines virales qui seront clivées en protéines fonctionnelles par la protéase virale. Les protéines virales sont constituées :

Transmission

- Principalement vectorielle, se fait selon un cycle faisant intervenir arthropodes vecteurs et hôtes vertébrés, infectés ou réceptifs, selon le cas

- Par don de sang ou d’organes amenant à pratiquer des tests virologiques chez les donneurs vivant en zone d’endémie et à exclure temporairement les voyageurs de retour de zone de circulation.

- Transplacentaire, périnatale (sécrétions génitales maternelles et par l’allaitement)

- Une transmission sexuelle a été décrite pour le virus Zika

Répartition géographique

La plupart des arbovirus occupent une région limitée, aucun n’est totalement cosmopolite. Il y a en effet une adaptationnécessaire à la fois à l’arthropode vecteur et aux vertébrés sur lesquels se nourrit préférentiellement cet arthropode.

Les arbovirus circulent principalement dans les régions tropicales ou subtropicales avec, depuis quelques années, une augmentation de l’incidence des infections en et la description de cas autochtones dans les régions tempérées

Chez l’arthropode :

• - Contamination lors de la piqûre d’un hôte virémique (Homme ou animal)
• - Multiplication dans le tube digestif puis stockage dans les glandes salivaires.

Chez l’homme :

- Inoculation simultanément à la salive du vecteur dans le compartiment extravasculaire de l’épiderme et du derme.

- Réplication dans les cellules résidentes de la peau.

- Migration dans les ganglions lymphatiques de drainage soit sous la forme de particules virales libres soit transporté par les cellules de Langerhans de l’épiderme ou les cellules dendritiques migratrices du derme.

- Évacuation par le canal lymphatique efférent vers les vaisseaux sanguins → première phase virémique.

- Infection et multiplication dans les monocytes circulants → deuxième phase virémique facilitant l’atteinte des organes cibles tels que le système nerveux central ou le tissu hépatique.

Incubation courte, de 1 à 12 jours et tableaux cliniques variables entre arbovirus et pour un même arbovirus.

Il repose essentiellement sur la mise en évidence précoce du génome viral dans les échantillons biologiques. Le diagnostic sérologique plus tardif est rendu difficile par la proximité génétique entre flavivirus ou alphavirus à l’origine de réactions croisées.

Prélèvements :

• - Plasma, sérum, liquide céphalorachidien
• - Urines, sperme ou liquide amniotique pour le virus Zika
• - Prélèvements fœtaux

Renseignements devant impérativement accompagner les prélèvements :

• - Lieu présumé de la contamination
• - Date de retour de la zone d’endémie
• - Tableau clinique
• - Date de début des signes cliniques
• - Antécédent d’arbovirose
• - Vaccination contre un arbovirus (Fièvre jaune principalement)

Techniques de diagnostic

Thérapeutique :

Absence de traitement spécifique⁄ Traitement symptomatique uniquement

Prophylactique :

- Le vaccin contre la Dengue est un vaccin à virus vivant atténué couvrant les quatres sérotypes.

- Le vaccin contre la Fièvre jaune ou vaccin amaril est un vaccin à virus vivant atténué recommandé pour tout voyageur séjournant en zone d’endémie et obligatoire pour les résidents du département de la Guyane. Le schéma vaccinal comporte une injection unique au moins 10 jours avant le départ assurant une protection à vie (pas de rappel nécessaire) chez l’immunocompétent.

- Encéphalite japonaise : On utilise actuellement 4 types principaux de vaccins: les vaccins inactivés préparés sur tissu cérébral de souris, les vaccins inactivés préparés sur culture de cellules Vero, les vaccins vivants atténués et les vaccins vivants produits par recombinaison. (Source OMS)

- Le vaccin de l'encéphalite à tiques est un vaccin inactivé.

Ces maladies se caractérisent en général par une évolution biphasique, avec une première phase de quelques jours dominée par un syndrome pseudo-grippal sans spécificité, puis une seconde phase souvent rapidement évolutive marquée par des signes hémorragiques diffus: hémorragies cutanées ou cutanéo-muqueuses rapidement extensives, suffusions hémorragiques en regard de points de ponction même anciens, et hémorragies viscérales souvent fatales (hématémèse, épistaxis, hémoptysies, rectorragies, etc.). L’hypotension et l’état de choc qui s’ensuit entrainent le décès.

• Fièvres hémorragiques avec syndrome rénal :

Les hantaviroses sont des infections virales dues au genre Hantavirus.
Ces fièvres hémorragiques s’accompagnent d’une insuffisance rénale qui régresse en général après la guérison. Elles évoluent en 5 phases : fébrile, hypotensive, oligurique, polyurique et de convalescence.

À l’exception du virus de la fièvre de la Vallée du Rift, ces pathogènes responsables de fièvres hémorragiques virales entrent dans la catégorie des agents biologiques de classe IV. Cela implique une manipulation au sein de laboratoires de confinement de niveau de sécurité biologique (NSB) 4 et un transport de ces échantillons en triple emballage.

☲ Diagnostic direct :

- Isolement du virus sur cultures cellulaires (Cellules VeroVero 6) avec mise en évidence d’un effet cytopathogène après culture.

- Microscopie électronique (exemple : aspect caractéristique des filovirus, des arénavirus, etc.)

- Mise en évidence d’antigènes viraux spécifiques à l’aide de tests ELISA (possible si grande quantité de virus dans le sang et les tissus)

- RT-PCR en temps réel ciblant des zones spécifiques du génome viral. Cependant, en cas de mutation importante sur le génome (variabilité des virus à ARN), la PCR peut être mise en défaut, d’où l’importance d’une surveillance des souches épidémiques par les Centres de Référence.

Les antigènes viraux et l’ARN viral apparaissent rapidement après le début des premiers signes cliniques - vers le 3 jour

- et persistent jusqu’à 7 à 16 ^èmejours. Ceci explique qu’un résultat de PCR négatif ne peut exclure le diagnostic si le test a été effectué sur un prélèvement obtenu dans les 48 heures après le début des signes cliniques : il devra être contrôlé sur un 2^èmeprélèvement.

☲ Diagnostic indirect :

Mesurant la réponse en anticorps de type IgG et IgM : techniques ELISA (IgG direct, IgM par capture).
Les IgM apparaissent précocement - dès le 2^ème jour suivant le début des signes et persistent entre 30 et 168^èmejour et persistent plusieurs années.
Les IgG se positivent entre le 6^ème et le 18^ème

En 1997, des cas d’infection humaine par le virus A(H5N1) hautement pathogène ont été notifiés lors d’une flambée touchant la volaille à Hong Kong. Depuis 2003, ce virus aviaire s’est propagé de l’Asie à l’Europe et à l’Afrique et s’est durablement enraciné dans les populations de volailles de certains pays, provoquant des millions d’infections chez ces oiseaux, des centaines de cas humains et de nombreux décès.

D’autres virus grippaux aviaires du sous-type A(H5) ont également entraîné des flambées touchant la volaille et des infections chez l’homme.

En 2013, des infections à virus A(H7N9), faiblement pathogène, ont été signalées chez l’homme en Chine. Depuis, ce virus s’est propagé dans les populations de volailles du pays et a entraîné plus de 1500 cas humains et de nombreux décès. D’autres virus grippaux aviaires, dont les virus A(H7N7) et A(H9N2), ont provoqué des infections sporadiques chez l’homme

La pandémie de grippe porcine (à virus A(H1N1)) de 2009 a débuté au Mexique, où elle a entraîné des symptômes sévères chez des adultes auparavant en bonne santé, et elle s’est étendue rapidement à plus de 214 pays. On pense que 105 000 à 395 000 personnes en sont mortes.

☲ Réservoir et transmission :

Les oiseaux aquatiques sont le principal réservoir naturel de la plupart des sous-types de virus grippaux du type A. L’homme se contamine par des contacts directs ou indirects avec des animaux ou des environnements contaminés, mais ils n’entraînent pas de transmission interhumaine efficace de ces virus.

Chez l’homme, les virus grippaux aviaires, porcins et autres virus grippaux zoonotiques peuvent causer des infections bénignes des voies respiratoires supérieures (fièvre et toux), une production précoce d'expectorations pouvant rapidement évoluer vers une pneumonie grave, un syndrome de détresse respiratoire aigu, un choc septique voire le décès.