- Diagnostic Microbiologique Bactériologie Virologie
✑ Dr.Midireh.l
☰ Sommaire :
- Ⅰ. Introduction / Definition
- Ⅱ. Classification du pied diabétique
- Ⅲ. Orientation diagnostic
- Ⅳ.Prélèvements
- Ⅴ.Lancement des prélèvements
- Ⅵ. Interpretation
Ⅰ. Introduction / Definition
Le terme «ulcère du pied diabétique» (DFU) est imprécis. Il décrit la présence d'une cassure de la peau du pied chez une personne diabétique, qui ne guérit pas rapidement. Les causes de la rupture cutanée sont multiples et une fois que l'ulcère s'est développé, plusieurs facteurs empêchent sa guérison rapide. Les causes de la rupture de la peau varieront d'une personne à l'autre, et les causes du retard de guérison varieront non seulement d'une personne à l'autre, mais varieront également avec le temps
☰ Selon International Working Group on the Diabetic Foot (IWGDF) c'est une infection, ulcération ou destruction des tissus profonds du pied, associée à une neuropathie et/ou une artériopathie périphérique des membres inférieurs chez le diabétique
Le traitement efficace d'un ulcère dépend du fait que le clinicien sache quelles sont les causes les plus importantes à un moment donné et choisit une stratégie de prise en charge appropriée.
Ⅱ. Classification du pied diabétique
- Une grande variété de systèmes de classification a été développée, mais aucun n'a été universellement accepté.
- Une étude réalisée dans le but était d'évaluer les systèmes publiés d'ulcères du pied diabétique afin de déterminer lesquels devraient être recommandés pour un objectif clinique donné
☰ Au total, 37 classifications ont été identifiées. Après un examen critique des articles proposant et validant chaque classification, 18 ont été exclus. Il a été décidé qu'il y avait suffisamment de preuves disponibles pour faire des recommandations sur l'utilisation de classifications particulières pour des indications particulières:
- Le système IDSA / IWGDF (tableau 1) devrait être choisi pour la catégorisation de l'infection (la plus intéressante en tant que microbiologiste)
- Pour la communication entre les cliniciens, la classification SINBAD devrait être utilisée
- Le système WIfI devrait être choisi pour évaluer la perfusion et tout avantage probable de la revascularisation.
- Il a également été conclu qu'aucune classification ne pouvait être utilisée pour définir le pronostic d'un ulcère.
| Grade | Gravité | Manifestations cliniques |
|---|---|---|
| 1 | Non infecté | Absence de symptômes ou de signes généraux ou locaux d’infection |
| 2 | Infection légère | Infection sans signes généraux touchant :
|
| 3 | Infection modérée | Infection sans signes généraux :
|
| 4 | Infection sévère | Toute infection du pied avec manifestations générales associées,qui se
manifeste par 2 ou plus des constatations suivantes : :
|
tableau 1: Classification IDSA / IWGDF
Ⅲ. Orientation diagnostic
☰ Le diagnostic d'infection du pied chez le diabétique est un diagnostic clinique et non microbiologique : il repose sur des données cliniques proposées par le IWGDF :
→ Deux manifestations inflammatoires :
- Augmentation de volume
- Induration
- Érythème péri-lésionnel
- Sensibilité locale ou douleur
- Chaleur locale
- Présence de pus
→ Les signes classiques de l’infection peuvent être atténués chez le diabétique porteur d’une neuropathie, être mimés par un pied de Charcot en phase aigüe, ou être absents en cas d’ischémie ce qui risque de retarder le diagnostic, ce qui conduit certains à préconiser de définir l'infection par la présence de signes « secondaires », tels qu'une odeur nauséabonde, un tissu friable ou décollement profond
→L’interprétation des résultats des prélèvements microbiologiques doit se faire en collaboration avec le clinicien. Le choix de l’antibiothérapie est idéalement guidé par l’isolement de l’agent pathogène et son antibiogramme ; toutefois cet objectif est souvent non atteignable.
→ Certains éléments de la plaie peuvent orienter ce « pari » d'antibiothérapie probabiliste (tableau suivant):
| Type de plaie du pied | Pathogènes |
|---|---|
| • Plaie superficielle récente sans antibiothérapie récente | • Streptocoques β-hémolytiques • Staphylococcus aureus |
| • Plaie chronique (≥ 1 mois) • Plaie antérieurement traitée par antibiotiques |
• Streptocoques β-hémolytiques • Staphylococcus aureus • Entérobactéries |
| • Plaie traitée par des céphalosporines d’évolution défavorable | Entérocoques |
| • Lésion macérée | Pseudomonas spp. (fréquemment en association avec d’autres bactéries) |
| • Plaie de longue durée (ulcère ≥ 6 mois), • Traitement antérieur par des antibiotiques à large spectre |
• Association de cocci à Gram positif aérobies (Staphylococcus aureus,
streptocoques β-
hémolytiques, staphylocoques à coagulase négative, entérocoques ), et
de
bacilles
à Gram
négatif ( entérobactéries, bacilles à Gram négatif non fermentatifs,
Pseudomonas
spp. ), • ±corynébactéries, ±Candida spp. |
| • Odeur nauséabonde, • Nécrose, • Gangrène |
• Cocci à Gram positif aérobies, • Entérobactéries,, • Bacilles à Gram négatif non fermentatifs, Pseudomonas spp.,, • Anaérobies stricts |
Corrélations et Orientation clinico-bactériologiques "Source : SPECTRA BIOLOGIE"
Ⅳ. Prélèvements du pied diabétique
- Les prélevèrent bactériologiques ne sont indiqués qu'en cas d'infection établie cliniquement. Les plaies sans signes cliniques (locaux ou généraux) d'infection (grade 1 de l'IWGDF) ne doivent pas être prélevées
- Les méthodes de prélevèrent s'adaptent à la nature des lésions
Débridement du pied diabétique
Elle est indispensable au moyen d’une curette ou d’un scalpel stérile afin d’éliminer les parties molles nécrosées, les tissus dévitalisés et contaminés et les tissus fibreux pour ne laisser en place que du tissu sain et ainsi faciliter la cicatrisation.
Le débridement diminue la charge bactérienne locale et s’oppose aux conditions locales favorables à la prolifération bactérienne, à l’œdème d’origine inflammatoire et à ses effets délétères sur la perfusion tissulaire.
Ensuite, un nettoyage doit être réalisé avec une gaze imbibée de sérum physiologique stérile. L’utilisation d’antiseptiques doux est possible permettant l’élimination de la flore bactérienne colonisante , mais ceux-ci doivent être éliminés par du sérum physiologique stérile avant de réaliser le prélèvement.
→ Il existe plusieurs méthodes de débridement (tranchantes / chirurgicales, biologiques, autolytiques, biochimiques et osmotiques) pour plus de détails télécharger Debridement and the Diabetic Foot (pdf)
L'écouvillonnage superficiel de la plaie
Cette méthode de prélèvement est la plus utilisée mais elle est peu fiable.
Le plus souvent un écouvillon est passé sur une surface de 1 cm2 de plaie dans un mouvement de zigzag combiné à un mouvement de rotation (difficile de distinguer la flore de colonisation des bactéries responsables de l'infection)
L’inconvénient de cette méthode est qu’elle recueille la totalité de la flore aérobie colonisante diminuant la spécificité de cet examen, même en cas de nettoyage préalable de la plaie. De plus, les bactéries anaérobies ne sont pas recherchées, ce qui diminue la sensibilité de l’examen
Curetage du pied diabétique
Ce prélèvement nécessite de racler ou de cureter le tissu à la base et sur les bords de l’ulcère avant de nettoyer la plaie puis de passer un écouvillon. Cette méthode est indiquée pour les prélèvements superficiels et les plaies anfractueuses profondes. Elle fournit des résultats plus spécifique (identification plus rare de bactéries colonisantes) que l’écouvillonnage simple
Biopsie tissulaire
C'est la méthode à privilégier. Elle peut être réalisée au lit du patient, surtout en cas de neuropathie sévère.
La biopsie doit être réalisée après préparation (débridement, excision des tissus nécrosés après un nettoyage soigneux) de la plaie et doit passer en peau saine.
Deux à quatre fragments de tissu sont prélevés (à l'aide de « punch biopsy » , true cut ou de prise de matériel au cours d’un débridement chirurgical) à partir de zones différentes en fonction de l'étendue de la plaie et placés immédiatement dans un flacon stérile additionné de quelques gouttes de sérum physiologique stérile pour éviter la dessiccation
☰ Témoignage de l'institut National de la santé et de la Recherche Médicale (Université de Montpellier)
Depuis 2003, nous avons progressivement modifié notre politique de prise en charge des patients atteints d’ulcère de pied diabétique dans notre hôpital universitaire. En ce qui concerne le prélèvement microbiologique, nous avons changé notre technique en utilisant un prélèvement de tissus profonds obtenu par biopsie ou curetage (grattage de la base de l'ulcère débridé après avoir nettoyé la plaie) au lieu d'un prélèvement superficiel (obtenu en faisant rouler un coton-tige sur la surface de la plaie). En conséquence, il y a eu une diminution frappante du nombre d'agents pathogènes par échantillon de 4,1 à 1,9. En parallèle, le taux de récupération des bacilles à Gram négatif a diminué régulièrement, reflétant l'augmentation du taux de cocci à Gram positif, De plus, le taux de prévalence des micro-organismes multirésistants (MDRO) a considérablement et régulièrement diminué, diminuant de moitié entre 2003 et 2007
L'aspiration à l'aiguille fine
Elle permet de prélever les plaies profondes et en particulier les infections collectées.
La ponction est effectuée au travers d'une zone saine désinfectée au préalable. Si aucun liquide n'est aspiré, 1 à 2 ml de sérum physiologique sont injectés et aspirés à l'aide d'une seconde aiguille.
Dans tous les cas, la seringue (même type utilisée pour la mesure des gaz du sang) ayant servi au prélèvement est rapidement adressée au laboratoire sans l'aiguille, purgée d'air, bouchée hermétiquement et stérilement.
Prélèvements à réaliser en cas d'ostéite aiguë
Ils s'effectuent par biopsie osseuse, qui est la méthode de référence. Elle est rapide, simple et sans effet secondaire mais doit être réalisée dans des centres spécialisés. En cas d'échec d'une première antibiothérapie, la biopsie doit être réalisée après une fenêtre thérapeutique de 15 jours minimum.
La biopsie osseuse peut être obtenue :
- par un geste chirurgical ;
- par ponction percutanée radio- ou écho-guidée en passant le trocart (de type myélogramme) au travers de la peau saine après désinfection la plus complète possible.
Ce geste peut être réalisé sans anesthésie locale chez de nombreux patients du fait de la neuropathie sensitive. Plusieurs zones peuvent être prélevées.
☰ Hémocultures aérobies et anaérobies, elles sont réalisées en cas de sapas sévère
(grade 4 de l’IWGDF )
Choix des prélèvements à effectuer en fonction du type de la plaie
Ⅴ. Lancement des prélèvements
Des prélèvements avec milieu de transport adéquat (Amies…) sont ensemencés directement sur des milieux géloses : gélose au sang, gélose au sang cuit supplémentée en facteurs de croissance et milieu sélectif pour entérobactéries incubées à environ 35°c pendant 7 J. La culture anaérobie peut être réalisée sur milieu pré-réduit au sang, additionné d'hémine et de vitamine K1, si la chaine d'anaérobiose a été respectée. Elle dort être incubée pendant 7 J.
Pour les Biopsie tissulaire ou osseuse, les fragments sont découpés et broyés, sous PSM-2, en présence de sérum physiologique stérile. Une culture anaérobie doit aussi être réalisée
Le biologiste doit être informé des circonstances exactes d'obtention des échantillons biologiques (per exemple, la nature du prélèvement, le grade clinique, l’administration d’antibiotiques). Ces paramètres ne peuvent être connus que par une collaboration étroite entre le biologiste et le clinicien
Homogénéisation des tissus au scalpel stérile.
Homogénéisation des tissus au mortier et au pilon.
Ⅵ. Interpretation
L'interprétation des résultats est rarement simple. Elle dépend de la nature de l'échantillon et de la qualité du prélèvement, le conditionnement et l'acheminement. Elle dépend également de la nature des bactéries isolées. Toutes ces données sont à prendre en compte pour pouvoir incriminer les bactéries mises en évidence dans l'infection.
Pour mieux interpréter les résultats de culture et fournir une thérapie antimicrobienne optimale, les cliniciens doivent être familiarisés avec les isolats microbiens dans leur propre région de pratique.
Pour déterminer avec le plus de probabilité si les bactéries isolées sont responsables de l’infection, il faut absolument réaliser les prélèvements, leur conditionnement et leur transport dans les conditions décrites précédemment. Un prélèvement mal réalisé techniquement, est inutile, voire une source de thérapeutique inappropriée.
Il n'est pas facile de préciser la signification clinique des bactéries isolées. Il est clair pour les micro-organismes hautement virulents, tels que Streptococcus pyogenes, mais pas pour la plupart des autres espèces récupérées qui sont généralement des agents pathogènes opportunistes ou commensaux. Pour résoudre ce problème, plusieurs études ont été réalisé:
- Les infections ulcéreuses sont généralement polymicrobiennes et mixtes (GRAM positif (aéro-anaérobie facultative et anaérobie), GRAM négatif, et Candida spp.)
- Dans les infections récentes, les cultures sont le plus souvent causées par un seul organisme (les plus répandues : S. aureus suivi de différentes espèces de Streptococcus).
- Les infections superficielles, telles que l'érysipèle et la cellulite, sont généralement causées par des organismes GRAM-positifs, en particulier les streptocoques bêta-hémolytiques des groupes A, B, C et G et Staphylococcus aureus, respectivement.
- Dans les infections à long terme, le rôle de S. aureus et des streptocoques est toujours important bien que le pourcentage de leur guérison soit plus faible. Il y a une augmentation des staphylocoques à coagulase négative (SCN), Enterococcus spp, bacilles GRAM négatif , en particulier Pseudomonas aeruginosa , et anaérobies
- Dans la fascite nécrosante et la gangrène, les isolats les plus courants sont des cocci GRAM positif, des entérobactéries, des bacilles à Gram négatif non fermentatifs et des anaérobies.
- Selon le "Journal of Vascular Surgery " : dans la plupart des infections, S. aureus (SARM et SASM) et les streptocoques sont les principaux agents pathogènes et un traitement ciblé les guérirait indépendamment des bactéries associées. Cela a conduit à la formulation du concept de «tête du serpent» (cocci à Gram positif), selon lequel en détruisant la tête du serpent, le corps serait tué (bacilles à Gram négatif et anaérobies)
- Recommandations pratiques de l’IWGDF : Pour les patients qui n'ont pas récemment reçu une antibiothérapie et qui résident dans une région à climat tempéré, cibler l'antibiothérapie empirique uniquement sur les agents pathogènes aérobies à Gram positif (streptocoques bétahémolytiques et Staphylococcus aureus) en cas d'infection légère du pied diabétique.Pour les patients résidant dans un climat tropical / subtropical, ou qui ont été traités avec une antibiothérapie en quelques semaines, ont un membre gravement ischémique ou une infection modérée ou sévère, nous suggérons de sélectionner un schéma antibiotique empirique qui couvre les agents pathogènes à Gram positif , pathogènes Gram négatifs couramment isolés, et éventuellement anaérobies obligatoires en cas d'infections du pied diabétique modérées à sévères. Ensuite, reconsidérez le schéma antibiotique en fonction à la fois de la réponse clinique et des résultats de culture et de sensibilité.
- Il est conseillé pour le traitement de ne pas tenir compte en première intention des germes les moins virulents ou des commensaux (SCN, corynébactéries, Pseudomonas aeruginosa, entérocoques)
- Le rôle des entérocoques est controversé comme en témoigne la bonne réponse clinique des ulcères avec ce microorganisme lorsqu'ils ont été traités par l'ertapénème, un antibiotique auquel ils ont une résistance naturelle
- P. aeruginosa, une bactérie produisant une couche muqueuse, est isolée le plus souvent et de manière significative dans les ulcères chroniques à long terme. Traditionnellement, les circonstances favorisant la macération des ulcères sont considérées comme des facteurs de risque. Dans de nombreux cas, des antécédents de traitement antimicrobien au cours du mois précédent sont documentés. Son rôle pathogène, comme dans le cas d'Enterococcus, n'est pas clair car dans les infections mixtes dans lesquelles il a été isolé, une réponse clinique similaire a été rapportée avec l'ertapénem et la pipéracilline-tazobactam
- Recommandations pratiques de l’IWGDF : Un traitement empirique visant Pseudomonas aeruginosa n'est généralement pas nécessaire dans les climats tempérés, mais envisagez-le si P. aeruginosa a été isolé de cultures du site affecté au cours des semaines précédentes ou dans des climats tropicaux / subtropicaux (au moins pour une infection modérée ou sévère)
- Chez un pourcentage significatif de patients, diverses espèces de Corynebacterium sont isolées. Habituellement considérées comme peu pathogènes, des études génomiques récentes ont montré qu'elles constituaient une partie importante du biofilm caractéristique des infections chroniques du pied diabétique
- En cas de doute, les prélèvements doivent être répétés et ces bactéries seront prises en considération, si elles sont isolées à plusieurs reprises ou si l’état septique du patient est inquiétant.
- Il y a eu des rapports sur l'existence de différences génomiques entre les souches colonisatrices et celles causant l'infection. Dans ce dernier, les gènes de résistance aux aminosides sont plus courants et ceux qui codent pour certains déterminants de la virulence
- Dans l'ostéomyélite,Le diagnostic doit être évoqué dans deux circonstances :
- mauvaise évolution de la plaie malgré une prise en charge et une mise en décharge optimales
- et/ou présence d’un contact osseux.
Les microorganismes isolés sont similaires à ceux trouvés dans les ulcères chroniques. - Certains spécialistes préconisent d'utiliser la présence d'un grand nombre de bactéries en culture (généralement définies comme ≥105 unités formant colonie par gramme de tissu) comme base pour différencier les DFU infectées des DFU non infectées (Ils affirment que cela peut indiquer une infection de la plaie, ou au moins un degré de colonisation qui nuit à la cicatrisation de la plaie, et peut submerger les défenses de l'hôte sans déclencher une réaction immunologique généralisée). Cependant, il n'y a pas de données convaincantes (de culture conventionnelle ou de méthodes moléculaires) soutenant ce concept.
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